微生物污染的控制，從生物潔凈技術(shù)的角度而言，有四個(gè)原則：
1、對進(jìn)入凈化車間的空氣充分地進(jìn)行除菌或滅菌（如用濾器、電子自凈氣、臭氧發(fā)生器等）。
2、使室內(nèi)微生物顆粒迅速而有效地吸收并排出室外（換氣次數(shù)及*的進(jìn)風(fēng)口與回風(fēng)口的設(shè)計(jì)）。
3、不讓室內(nèi)的微生物粒子集聚和衍生（氣流組織形式及合格的凈化裝修）。
4、防止進(jìn)入室內(nèi)的人員或物品散發(fā)細(xì)菌，如不能防止，則應(yīng)盡量限制其擴(kuò)散。
在上述原則中：1和4兩項(xiàng)與除菌及滅菌的措施，操作及管理有關(guān)。而2和3兩項(xiàng)與室內(nèi)氣流組織換氣次數(shù)有關(guān)。良好的氣流組織可以使這兩項(xiàng)內(nèi)容得以完成。
凈化車間微生物的污染控制，是嚴(yán)格的管理和限制人員的除菌率密切關(guān)聯(lián)的。良好的除塵、防菌措施，例如：防塵服、防靜電設(shè)施等均是生物潔凈技術(shù)中十分重要的內(nèi)容。